有一天，沖繩附近的海域出現了一種奇怪的生物。 “它”的外形類似于棘冠海星，它的毒液會傷害漁民，并迅速蔓延到整個日本。這是怪物達嘎拉 (Dagahra) 復活的預兆，達嘎拉是由傳說中的古代文明 Nirai Kanai 創造的，作為解決環境污染的生物凈化系統，但它失去了控制，最終導致了 Nirai Kanai 的滅亡。埃利亞斯姐妹察覺到地球危機，飛到石垣島，那里出現了一只名叫 Gogo 的小生物，它來自 Nirai Kanai。大陸的盜獵者從 Gogo 尾巴上的裝飾環得知那里有寶藏，一些當地女孩收養了 Gogo。艾利亞斯姐妹知道“尼萊卡奈遺跡中藏有可以打敗達加拉的寶藏”的傳說。少女們、艾利亞斯姐妹以及與姐妹們發生沖突的偷獵者兼黑仙女貝爾貝拉結成團隊出海。在Gogo的引導下，Nirai Kanai的金字塔遺址從海中浮現出來。然而，當她們尋找寶藏時，達嘎拉降臨石垣島并開始肆虐，于是伊萊亞斯姐妹召喚了摩斯拉與他戰斗。達嘎拉與魔斯拉在從石垣島到西表島的空中展開了戰斗，之后又在金字塔遺址附近展開了海底戰斗，魔斯拉被擅長海戰的達嘎拉拖入海中。然后，達嘎拉將“它”——無數的貝倫——附著在魔斯拉身上，使她無法戰斗。埃利亞斯拼命想要除掉附著在魔斯拉身上的貝倫，但是貝倫數量實在太多，根本無法除掉。摩斯拉陷入絕境，尋找寶藏已成當務之急。逃離遺跡中的陷阱后，少女們和偷獵者到達了一個大廳，那里有一幅 Nirai Kanai 公主的三維圖像，告訴她們 Gogo 已經選擇了少女 Shiori 作為寶藏的主人。然而，達嘎拉攻擊了金字塔！金字塔倒塌后，魔斯拉能夠利用戈戈的“生命之水”的力量去除附身于她的貝倫，她變成了彩虹魔斯拉，力量更加強大，并再次與達嘎拉戰斗。形勢已經和之前完全不同了，現在是摩斯拉占了上風。當達嘎拉再次潛入海中時，魔斯拉化身為水之魔斯拉，戰斗轉移到了海底。魔斯拉用屏障抵擋達加拉的攻擊，并對達加拉發動強大的攻擊。隨后他化作分身形態，從達加拉體內發起攻擊，一路擊敗了貝倫，最終導致達加拉墜落，并與金字塔一起消失。魔斯拉脫離海面之后，變回了原來的樣子——彩虹魔斯拉，回到了嬰兒島，危機結束。